成立時間不同：

　　明朝萬歷年間，朝廷為了處理有關國家大事的案件，專門成立了一個集武林高手、密探、捕快和殺手于一體的'秘密組織。因為這個組織的秘密性，又因為總部大殿是一個坐北朝南、東南西三面開門、每面兩扇門總共六扇，所以叫做“六扇門”。

　　洪武十五年（1382 年），朱元璋設置錦衣衛。初始職能為三項：其一，守衛值宿；其二，偵察與逮捕；其三，典詔獄。此三項職能在一段的時期內并未設立供其穩定實施的制度。

　　明憲宗時為加強特務統治，于成化十三年（1477年）于東廠之外增設西廠，與東廠及錦衣衛合稱廠衛，用太監汪直為提督，其權力超過東廠，活動范圍自京師遍及各地。后因遭反對，被迫撤銷。正德元年短暫復開五年后又被撤銷。

　　明成祖于永樂十八年(1420年)設立東緝事廠（簡稱東廠），由親信宦官擔任首領。東廠是世界歷史上最早設立的國家特務情報機關，其分支機構遠達朝鮮半島。

　　工作內容不同：

　　“六扇門”通常只接手江湖幫派斗爭和久為官府通緝的要犯。作為皇帝侍衛的軍事機構，錦衣衛主要職能為“掌直駕侍衛、巡查緝捕”，從事偵察、逮捕、審問等活動。也有參與收集軍情、策反敵將的工作，如在萬歷朝鮮戰爭中收集了大量的日軍軍情。東廠權力在錦衣衛之上，只對皇帝負責，不經司法機關批準，可隨意監督緝拿臣民，從而開明朝宦官干政之端。