學院前身是始建于1948年的黑龍江機械制造學校和黑龍江省畜牧獸醫學校；2002年10月，以黑龍江機械制造學校與黑龍江經濟管理干部學院為基礎，成立黑龍江工商職業技術學院；2010年，黑龍江畜牧獸醫職業學院更名為黑龍江科技職業學院；2012年經省政府批準，由黑龍江工商職業技術學院與黑龍江畜牧獸醫職業學院合并組建黑龍江職業學院。