甘農大前身是1946年10月創建于蘭州的國立獸醫學院。1950年，改名為西北獸醫學院；1951年，改名為西北畜牧獸醫學院；1958年，與籌建中的甘肅農學院合并成立甘肅農業大學。2012年6月，甘肅省人民政府和農業部簽署協議共建甘肅農業大學。學校從1953年開始招收研究生，是全國首批學士和碩士學位授予單位，第二批博士學位授予單位。